3-indolacto rūgštis yra tam tikras augalų auksinas. Auksinas turi daug fiziologinių poveikių, susijusių su jo koncentracija. Maža koncentracija gali skatinti augimą, o didelė koncentracija slopins augimą, netgi naikins augalus. Šis slopinamasis poveikis yra susijęs su tuo, ar jis gali sukelti etileno susidarymą. Auksino fiziologinis poveikis pasireiškia dviem lygiais. Ląstelių lygmenyje auksinas gali stimuliuoti kambio ląstelių dalijimąsi; skatinti šakų pailgėjimą ir slopinti šaknų ląstelių augimą; skatinti ksilemo ir floemo ląstelių diferenciaciją, skatinti auginių šaknis ir reguliuoti kalio morfologiją. Organų ir viso augalo lygyje auksinas veikia nuo daigų iki vaisių nokinimo. Auksinas kontroliuoja grįžtamąjį raudonos šviesos slopinimą hipokotilo pailgėjime daiguose; kai jis pereina į apatinę ūglių pusę, jis sukuria šakos geotropizmą; kai jis pereina į ūglių apšvietimo pusę, jis sukelia šakos fototropizmą; 3-indolacto rūgštis suteikia viršūninį pranašumą ir atitolina lapų senėjimą. Auksinas skatina žydėjimą, skatina partenokarpinių vaisių vystymąsi ir atitolina vaisių brandą.